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烟叶表面微生物类群两种检测方法的比较研究

龚俊 刘玉配 李媛媛

龚俊, 刘玉配, 李媛媛, . 烟叶表面微生物类群两种检测方法的比较研究[J]. 华东师范大学学报(自然科学版), 2016, (3): 92-101. doi: 10.3969/j.issn.1000-5641.2016.03.011
引用本文: 龚俊, 刘玉配, 李媛媛, . 烟叶表面微生物类群两种检测方法的比较研究[J]. 华东师范大学学报(自然科学版), 2016, (3): 92-101. doi: 10.3969/j.issn.1000-5641.2016.03.011
GONG Jun, LIU Yu-Pei, LI Yuan-Yuan, . Comparative analysis of microbial communities on tobacco leaves between clone library and highthroughput sequencing[J]. Journal of East China Normal University (Natural Sciences), 2016, (3): 92-101. doi: 10.3969/j.issn.1000-5641.2016.03.011
Citation: GONG Jun, LIU Yu-Pei, LI Yuan-Yuan, . Comparative analysis of microbial communities on tobacco leaves between clone library and highthroughput sequencing[J]. Journal of East China Normal University (Natural Sciences), 2016, (3): 92-101. doi: 10.3969/j.issn.1000-5641.2016.03.011

烟叶表面微生物类群两种检测方法的比较研究

doi: 10.3969/j.issn.1000-5641.2016.03.011
基金项目: 

烟草行业卷烟烟气重点实验室开放基金(SZBCW201300596)

详细信息
    作者简介:

    龚俊,女,硕士研究生,研究方向为分子生态学

    通讯作者:

    李媛媛,女,博士,副教授,研究方向为分子生态学.

  • 中图分类号: Q33

Comparative analysis of microbial communities on tobacco leaves between clone library and highthroughput sequencing

  • 摘要: 为研究克隆文库法和高通量测序两种方法对烟叶表面微生物类群的检测效果,确定检测烟叶表面微生物多样性的最优方法,检测了基于细菌16S rDNA和真菌ITS区域的烤烟表面微生物类群的多样性. 结果显示,高通量测序得到的序列数量比克隆文库法多,两种方法检测到细菌的OTU数目相近,但高通量检测的真菌OTU数目较多;稀疏曲线显示高通量测序的数据饱和度更高;预计的群落多样性(Chao1指数和Ace指数)克隆文库法均高于高通量测序法,实际的群落多样性(Simpson指数和Shannon指数)表明克隆文库法检测的细菌多样性略高,而高通量测序检测的真菌多样性略高;在检测到的细菌和真菌种类上,高通量测序略多于克隆文库法,两种方法检测的细菌优势类群基本一致,为假单胞菌属、不动杆菌属和鞘氨醇单胞菌属,但真菌类群相差较大,且高通量测序检测到大量新的真菌序列. 总体上,高通量测序方法具有通量大、产出数据多的优势,可更全面、更准确地反映烟叶表面微生物群落结构. 
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  • 收稿日期:  2015-05-04
  • 刊出日期:  2016-05-25

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