中国综合性科技类核心期刊(北大核心)

中国科学引文数据库来源期刊(CSCD)

美国《化学文摘》(CA)收录

美国《数学评论》(MR)收录

俄罗斯《文摘杂志》收录

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证

王琳 张双 董素珍

王琳, 张双, 董素珍. 应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证[J]. 华东师范大学学报(自然科学版), 2012, (3): 154-160,170.
引用本文: 王琳, 张双, 董素珍. 应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证[J]. 华东师范大学学报(自然科学版), 2012, (3): 154-160,170.
WANG Lin, ZHANG Shuang, DONG Su-zhen. Computational and experimental identification of novel microRNAs in rats[J]. Journal of East China Normal University (Natural Sciences), 2012, (3): 154-160,170.
Citation: WANG Lin, ZHANG Shuang, DONG Su-zhen. Computational and experimental identification of novel microRNAs in rats[J]. Journal of East China Normal University (Natural Sciences), 2012, (3): 154-160,170.

应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证

详细信息
  • 中图分类号: Q74

Computational and experimental identification of novel microRNAs in rats

  • 摘要: 大鼠已公布的microRNA(miRNA) 数量明显少于小鼠及人miRNA的数量.本文采用同源搜索的计算方法预测大鼠新的miRNA.从miRBase数据库中下载已知动物的pre- miRNAs, 在UCSC数据库中对大鼠的全基因组序列进行了Blat分析,并根据miRNAs的筛选标准,获得45条新的大鼠miRNAs;随后随机选取其中的9条新miRNAs进行RT- PCR实验验证,发现大部分miRNAs在脑、心、肺、肾、肌肉、脾、睾丸和肝8种组织中均有表达.在此基础上,对预测的新miRNAs进行了miRNA成簇分析和miRNA基因家族分析.
  • [1] [1]LAGOS-QUINTANA M, RAUHUT R, LENDECKEL W, et al. Identification of novel genes coding for small expressed RNAs[J]. Science, 2001, 294(5543): 853-858.

    [2]LAI E C, TOMANCAK P, WILLIAMS R W, et al. Computational identification of drosophila microRNA genes[J]. Genome Biol, 2003, 4(7): R42.

    [3]LIM L P, LAU N C, WEINSTEIN E G, et al. The microRNAs of Caenorhabditis elegans[J]. Genes Dev, 2003, 17(8): 991-1008.

    [4]WEBER M J. New human and mouse microRNA genes found by homology search[J]. FEBS J, 2005, 272(1): 59-73.

    [5]YUE J, SHENG YORWIG K E. Identification of novel homologous microRNA genes in the rhesus macaque genome[J]. BMC Genomics, 2008(9): 8.

    [6]SHAO P, ZHOU H, XIAO Z D, et al. Identification of novel chicken microRNAs and analysis of their genomic organization[J]. Gene,2008, 418(1-2): 34-40.

    [7]ZHOU M, WANG Q, SUN J, et al. In silico detection and characteristics of novel microRNA genes in the Equus caballus genome using an integrated ab initio and comparative genomic approach[J]. Genomics, 2009, 94(2): 125-131.

    [8]BAEV V, DASKALOVA EMINKOV I. Computational identification of novel microRNA homologs in the chimpanzee genome[J]. Comput Biol Chem,2009, 33(1): 62-70.

    [9]KAROLCHIK D, BAERTSCH R, DIEKHANS M, et al. The UCSC genome browser database[J]. Nucleic Acids Res,2003, 31(1): 51-54.

    [10] ALTUVIA Y, LANDGRAF P, LITHWICK G, et al. Clustering and conservation patterns of human microRNAs[J]. Nucleic Acids Res, 2005, 33(8): 2697-2706.

    [11] GRIFFITHS J. miRBase[DB/OL].(2010-04-01)[2011-02-10].http://www.mirbase.org.

    [12] GRIFFITHS-JONES S, SAINI H K, VAN DONGEN S, et al. miRBase: tools for microRNA genomics[J]. Nucleic Acids Res,2008, 36(Database issue): D154-D158.
  • [1] 施沈阳, 葛建忠, 陈建忠, 郑晓琴, 丁平兴.  基于FVCOM的物理—生物地球化学耦合模型构建与应用 . 华东师范大学学报(自然科学版), 2020, (3): 55-67. doi: 10.3969/j.issn.1000-5641.201941008
    [2] 陈洁, 吴健平, 郭珮珺, 姚申君.  “保基”原则下上海市养老机构服务可达性评价 . 华东师范大学学报(自然科学版), 2020, (3): 119-128. doi: 10.3969/j.issn.1000-5641.201841038
  • 加载中
计量
  • 文章访问数:  1974
  • HTML全文浏览量:  2
  • PDF下载量:  2577
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 收稿日期:  2011-03-01
  • 修回日期:  2011-06-01
  • 刊出日期:  2012-05-25

应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证

  • 中图分类号: Q74

摘要: 大鼠已公布的microRNA(miRNA) 数量明显少于小鼠及人miRNA的数量.本文采用同源搜索的计算方法预测大鼠新的miRNA.从miRBase数据库中下载已知动物的pre- miRNAs, 在UCSC数据库中对大鼠的全基因组序列进行了Blat分析,并根据miRNAs的筛选标准,获得45条新的大鼠miRNAs;随后随机选取其中的9条新miRNAs进行RT- PCR实验验证,发现大部分miRNAs在脑、心、肺、肾、肌肉、脾、睾丸和肝8种组织中均有表达.在此基础上,对预测的新miRNAs进行了miRNA成簇分析和miRNA基因家族分析.

English Abstract

王琳, 张双, 董素珍. 应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证[J]. 华东师范大学学报(自然科学版), 2012, (3): 154-160,170.
引用本文: 王琳, 张双, 董素珍. 应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证[J]. 华东师范大学学报(自然科学版), 2012, (3): 154-160,170.
WANG Lin, ZHANG Shuang, DONG Su-zhen. Computational and experimental identification of novel microRNAs in rats[J]. Journal of East China Normal University (Natural Sciences), 2012, (3): 154-160,170.
Citation: WANG Lin, ZHANG Shuang, DONG Su-zhen. Computational and experimental identification of novel microRNAs in rats[J]. Journal of East China Normal University (Natural Sciences), 2012, (3): 154-160,170.
参考文献 (1)

目录

    /

    返回文章
    返回