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应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证

王琳 张双 董素珍

王琳, 张双, 董素珍. 应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证[J]. 华东师范大学学报(自然科学版), 2012, (3): 154-160,170.
引用本文: 王琳, 张双, 董素珍. 应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证[J]. 华东师范大学学报(自然科学版), 2012, (3): 154-160,170.
WANG Lin, ZHANG Shuang, DONG Su-zhen. Computational and experimental identification of novel microRNAs in rats[J]. Journal of East China Normal University (Natural Sciences), 2012, (3): 154-160,170.
Citation: WANG Lin, ZHANG Shuang, DONG Su-zhen. Computational and experimental identification of novel microRNAs in rats[J]. Journal of East China Normal University (Natural Sciences), 2012, (3): 154-160,170.

应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证

详细信息
  • 中图分类号: Q74

Computational and experimental identification of novel microRNAs in rats

  • 摘要: 大鼠已公布的microRNA(miRNA) 数量明显少于小鼠及人miRNA的数量.本文采用同源搜索的计算方法预测大鼠新的miRNA.从miRBase数据库中下载已知动物的pre- miRNAs, 在UCSC数据库中对大鼠的全基因组序列进行了Blat分析,并根据miRNAs的筛选标准,获得45条新的大鼠miRNAs;随后随机选取其中的9条新miRNAs进行RT- PCR实验验证,发现大部分miRNAs在脑、心、肺、肾、肌肉、脾、睾丸和肝8种组织中均有表达.在此基础上,对预测的新miRNAs进行了miRNA成簇分析和miRNA基因家族分析.
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出版历程
  • 收稿日期:  2011-03-01
  • 修回日期:  2011-06-01
  • 刊出日期:  2012-05-25

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